En outre, bien que la fluoxétine puisse être utilisée durant la grossesse, la prudence est de rigueur, en particulier en fin de grossesse ou juste avant le début du travail, étant donné que certains autres effets ont été rapportés chez les nouveau-nés : irritabilité, tremblements, hypotonie, pleurs persistants, difficultés à téter ou troubles du sommeil. Ces symptômes peuvent indiquer soit des effets sérotoninergiques, soit un syndrome de sevrage.
Hoewel fluoxetine tijdens de zwangerschap kan worden gebruikt, is toch voorzichtigheid geboden, vooral op het einde van de zwangerschap of net voor het begin van de arbeid omdat er nog andere effecten zijn gerapporteerd bij pasgeborenen: prikkelbaarheid, tremor, hypotonie, persisterend huilen, zuig- of slaapmoeilijkheden.Die symptomen kunnen getuigen van serotoninerge effecten of van een ontwenningssyndroom.