Le pantoprazole est converti en sa forme active, un sulfénamide cyclique, dans l'environnement acide des cellules pariétales, où il inhibe l'enzyme H+, K+-ATPase et donc le stade final de la production d'acide chlorhydrique dans l'estomac.
Pantoprazol wordt omgezet in de actieve vorm, een cyclisch sulfenamide, in het zure milieu van de pariëtale cellen waar dit het H+, K+-ATP-ase inhibeert, dus de laatste stap in de productie van zoutzuur in de maag.