L'atovaquone est fortement liée aux protéines plasmatiques (> 99 %) sans qu’une interaction avec d’autres produits à forte liaison protéique n’ait été observée in vitro; la probabilité de survenue d'une interaction médicamenteuse liée à ce mécanisme est donc faible.
Hoewel atovaquon sterk aan plasma-eiwitten gebonden (> 99 %) is, verdringt het in vitro geen andere geneesmiddelen die sterk aan plasma-eiwitten gebonden zijn; het voorkomen van geneesmiddeleninteracties voortkomend uit deze verdringing, is dus weinig waarschijnlijk.