L’infectivité de certains virus lipophiles (par exemple les virus enveloppés tels que le virus de la grippe, le HSV et le HIV) est inactivée rapidement par la chlorhexidine, bien que les solutions aqueuses ne soient pas actives contre les petits virus à enveloppe protéique (notamment de nombreux virus entériques, le poliovirus, le papillomavirus – virus sans enveloppe).
De infectiviteit van sommige lipofiele virussen (bv. virussen met enveloppe zoals influenzavirus, HSV, HIV) is snel geïnactiveerd met chlorhexidine, hoewel waterige oplossingen niet actief zijn tegen de kleine proteïne-gecoate virussen (inclusief vele enterische virussen, poliovirus, papillomavirus – virussen zonder enveloppe).