Dans le cas des programmes gérés au nom de la Communauté par des agences exécutives (volets du programme-cadre pour la compétitivité et l'innovation, programmes Marco Polo, Énergie intelligente, Santé publique et Média et septième programme-cadre de recherche), ces dernières devront être pleinement associées aux négociations.
De programma's die namens de Gemeenschap door uitvoeringsagentschappen worden beheerd (delen van het CIP en ook het Marco Polo programma, het programma Intelligente Energie, het programma op het gebied van de volksgezondheid, het Media-programma, en het zevende kaderprogramma voor onderzoek), zullen volledig moeten worden betrokken bij de onderhandelingen.