Pour certaines dispositions (et certaines parties prenantes), l’harmonisation partielle visée par la directive s’est soldée par des coûts indirects ayant des effets négatifs. C’est le cas, notamment, de la carte européenne d’arme à feu, des catégories, du registre des armuriers et des courtiers, du partage d’informations, des exigences de détention d’une arme à feu, de la neutralisation, du traçage et du marquage.
Doordat de richtlijn slechts gedeeltelijk is geharmoniseerd, ontstaan indirecte kosten met negatieve effecten ten aanzien van specifieke bepalingen (en specifieke categorieën belanghebbenden), zoals die inzake de Europese vuurwapenpas, de categorieën, de registers voor wapenhandelaars en -makelaars, het delen van informatie, de vereisten voor het bezit van vuurwapens, neutralisatie, traceerbaarheid en markering.