La police fédérale est placée sous l'autorité du ministre de l'Intérieur et du ministre de la Justice, qui, chacun en fonction de leurs compétences, peuvent donner des directives, des instructions et des ordres au commissaire national et, dans certains cas, directement au directeur général, respectivement de la police administrative et de la police judiciaire.
De federale politie ressorteert onder de minister van Binnenlandse Zaken en de minister van Justitie die, elk naargelang van hun bevoegdheden, richtlijnen, instructies en bevelen kunnen verstrekken aan de nationale commissaris en, in sommige gevallen, rechtstreeks aan de directeur-generaal, respectievelijk van de bestuurlijke politie en van de gerechtelijke politie.