Dans l'hypothèse où une autorité compétente estime qu'une licence délivrée par l'autorité compétente d'un autre Etat membre ou qu'une attestation complémentaire harmonisée ne satisfait pas aux exigences minimales, la proposition de directive prévoit une procédure permettant de contester la certification, en s'adressant tout d'abord à l'autorité émettrice (ou à l'entreprise ferroviaire), puis, si besoin est, à l'Agence et enfin à la Commission.
Voor het geval zij van mening is dat een door de bevoegde instantie van een andere lidstaat afgegeven rijbewijs of geharmoniseerde aanvullende verklaring niet aan de minimumeisen beantwoordt, voorziet de richtlijn in een procedure waarmee de certificering kan worden betwist. Daartoe dient zij zich in eerste instantie te wenden tot de instantie van afgifte (of de spoorwegonderneming), en daarna, mocht dit noodzakelijk zijn, tot het Spoorwegbureau en uiteindelijk de Commissie.