La loi du 13 juin 1999 relative à la médecine de contrôle stipule toutefois clairement que lors de chaque mission, le médecin-contrôleur doit signer une déclaration d'indépendance assurant qu'il bénéficie d'une totale indépendance par rapport à l'employeur et au travailleur: "Art 5. Toutes plaintes relatives à des fautes professionnelles reprochées aux médecins-contrôleurs ou aux médecins-arbitres pourront être communiquées au médecin-fonctionnaire désigné par le Roi, qui après enquête ayant permis d'en reconnaître le bien-fondé, les soumettra à l'Ordre des Médecins".
Nochtans staat in de wet van 13 juni 1999 betreffende de controlegeneeskunde duidelijk dat de controlearts bij elke opdracht een verklaring van onafhankelijkheid moet ondertekenen die dient als garantie dat de controlearts volledig onafhankelijk is van de betrokken werkgever en werknemer: "Art. 5. Elke klacht met betrekking tot beroepsfouten die de controlearts of de artsscheidsrechter ten laste worden gelegd, kan worden medegedeeld aan de artsambtenaar aangeduid door de Koning, die na onderzoek waarbij de klacht gegrond werd bevonden, de Orde der Geneesheren ervan in kennis zal stellen".
