Les responsabilités d'Europol et d'Eurojust en matière de traitement des données à caractère personnel demeureront bien distinctes (qui sera le sous-traitant?, qui sera le responsable du traitement?), ce qui est par ailleurs utile compte tenu de l'existence de différents systèmes de contrôle en matière de protection des données, dotés d'organes de contrôle communs différents, celui d'Eurojust étant composé de juges (21).
De verantwoordelijkheden van Europol en die van Eurojust met betrekking tot de verwerking van persoonsgegevens (wie verwerkt? wie is verantwoordelijk voor de verwerking?) blijven dan duidelijk gescheiden, hetgeen ook nuttig is in het licht van de verschillende systemen van toezicht op gegevensverwerking die over verschillende gemeenschappelijke controleorganen beschikken, waarbij het gemeenschappelijk controleorgaan van Eurojust uit rechters is samengesteld (21).
