Selon Amnesty International, la Convention menace le droit de liberté d'expression sous le prétexte de la "sécurité", n'introduit aucun garde-fou pour le droit des détenus, n'inclut pas d'interdiction de la détention arbitraire ou d'interdiction claire de la torture, élargit la portée de la peine de mort dans de nombreux pays en se servant du prétexte de la sanction contre les crimes de terrorisme et n'interdit pas son application contre les mineurs, les femmes enceintes et les personnes souffrant de troubles mentaux.
Volgens Amnesty International vormt deze overeenkomst een bedreiging voor het recht op vrije meningsuiting, onder het voorwendsel van "veiligheid", biedt zij geen waarborgen voor de rechten van gevangenen, bevat zij geen verbod op arbitraire hechtenis en geen duidelijk verbod op foltering, vergroot in vele landen de mogelijkheden voor toepassing van de doodstraf, onder het voorwendsel van bestraffing van terroristische misdaden, en verbiedt niet de toepassing van de doodstraf op minderjarigen, zwangere vrouwen en geestelijk gestoorde personen.