Ce régime prévoit également des mesures dérogatoires transitoires: les États membres peuvent permettre l'utilisation de certaines dénominations enregistrées pour des produits non conformes: la firme qui a commercialisé légalement des produits sous la même dénomination enregistrée durant 5 ans précédant la date de l'enregistrement, pourra encore le faire pendant 5 années supplémentaires, dès lors que l'étiquetage indique clairement l'origine véritable du produit.
Het stelsel voorziet tevens in afwijkende overgangsmaatregelen: de lidstaten kunnen het gebruik toestaan van bepaalde geregistreerde benamingen voor niet-conforme producten: het bedrijf dat producten onder dezelfde geregistreerde benaming gedurende vijf jaar voorafgaande aan de datum van registratie wettig op de markt heeft gebracht, mag dit nog blijven doen gedurende vijf extra jaren, indien het etiket duidelijk de werkelijke herkomst van het product vermeldt.