BRAIN-be s'articule autour de 6 axes thématiques : 1. Ecosystèmes, biodiversité, histoire de la vie 2. Géosystèmes, univers et climat 3. Patrimoine culturel, historique et scientifique 4. Stratégies publiques fédérales 5. Grands défis sociétaux 6. Gestion des collections BRAIN-be permet de participer, suivant les priorités des axes thématiques, aux programmes transnationaux tels que les ERA-NETs ou les Joint-Programming Initiatives (JPI).
Het programma is opgebouwd rond 6 thematische assen : 1. Ecosystemen, biodiversiteit, evolutie 2. Geosystemen, heelal en klimaat 3. Cultureel, historisch en wetenschappelijk erfgoed 4. Strategieën van de federale overheid 5. Belangrijke maatschappelijke uitdagingen 6. Collectiebeheer BRAIN-be laat toe om, via de onderzoeksprioriteiten binnen de thematische assen, deel te nemen aan transnationale programma's zoals de ERA-NETs of de Joint Programming Initiatives (JPI).