Certaines délégations préfèrent que soit maintenue l'actuelle structure de direction de l'AESM, tandis que plusieurs États membres sont favorables à une adaptation, à condition que la compétence du conseil d'administration de l'agence soit pleinement respectée, de manière à ce que les États membres aient voix au chapitre dans les décisions prises par l'agence, en particulier en ce qui concerne la procédure de nomination du directeur exécutif.
Sommige delegaties behouden liever de huidige beheersstructuur, terwijl verscheidene andere lidstaten een aanpassing steunen op voorwaarde dat de bevoegdheid van de raad van bestuur van het agentschap ten volle in acht genomen wordt, om te garanderen dat de lidstaten zeggenschap hebben in de besluitvorming in het EMSA, met name waar het gaat om de benoemingsprocedure voor de uitvoerend directeur.