Le financement de la nouvelle Agence n'est prévu ni dans la dernière programmation financière de la Commission, du 31 janvier 2008, ni dans les tableaux annexés à la SPA pour 2009. Cette stratégie énonce simplement que l'agence "sera financée par des réductions correspondantes portant sur d'autres actions (relevant principalement de prérogatives institutionnelles) dans le domaine de la politique des transports et de l'énergie", sans autre précision sur ce mécanisme.
De financiering van het nieuwe energieagentschap is dus noch in de laatste financiële planning van de Commissie, noch in de tabellen die aan de JBS voor 2009 zijn toegevoegd geregeld, waarin alleen wordt gezegd: "Het agentschap zal worden gefinancierd door overeenkomstige verminderingen bij andere acties op het beleidsgebied vervoer en energie (vooral acties in het kader van de institutionele prerogatieven)".