L’EFSI sera doté d’un comité de pilotage, composé de trois experts de la Commission et d’un expert de la BEI, qui arrêtera les orientations stratégiques, ainsi que d'un comité d’investissement qui prendra, sur la base de la politique générale du Fonds, les décisions individuelles concernant l'utilisation de la garantie de l’UE dans les opérations de la BEI qui relèvent de l’EFSI.
Het EFSI krijgt een bestuur dat algemene beleidsadviezen geeft. Het bestaat uit drie deskundigen van de Commissie en één deskundige van de EIB. Daarnaast komt er een investeringscomité dat op basis van het algemene beleid in individuele gevallen beslist of de EU-garantie wordt ingezet voor EIB-operaties in het kader van het EFSI.