Les ressources de la CERT-UE lui sont fournies par les grandes institutions (Commission européenne, Conseil, Parlement européen, Comité des régions et Comité économique et social) et agences de l'Union européenne, notamment l’agence européenne chargée de la sécurité des réseaux et de l'information (ENISA).
De middelen voor het CERT-EU worden ter beschikking gesteld door de belangrijkste EU-instellingen en -agentschappen, waaronder de Europese Commissie, de Raad, het Europees Parlement, het Comité van de Regio's en het Economisch en Sociaal Comité alsmede het Europees Agentschap voor netwerk- en informatiebeveiliging (ENISA).