Le principal défi pour l'environnement dans la mer Baltique est l'eutrophisation, les polluants persistants, par exemple la dioxine, les PCB et les composés organiques de l'étain, les espèces invasives, les délestages volontaires et illégaux, un risque croissant de marée noire, à cause de l'exploitation des champs de pétrole ou de la croissance rapide des transports de pétrole, et la sûreté nucléaire.
De belangrijkste ecologische uitdagingen voor de Oostzee zijn eutrofiëring, persistente verontreinigende stoffen zoals dioxine, PCB's en organische tinverbindingen, van buitenaf binnendringende soorten, bewust illegale lozingen vanaf schepen, een toenemend risico van olierampen, exploitatie van olievelden en snel groeiend olietransport, en nucleaire veiligheid.