En termes réglementaires, le protocole intègre les systèmes nationaux et régionaux existants en matière de biosécurité (l'Union européenne pourra donc utiliser, dans le cadre du protocole, son propre système réglementaire).
Op reglementair vlak behelst het protocol de bestaande nationale en regionale stelsels inzake bioveiligheid (de Europese Unie kan dus, binnen het kader van het protocol, haar eigen regelgevende kader gebruiken).