Les dispositions méthodologiques et opérationnelles concernent les modalités de fonctionnement (e.a. le choix d'une bourse centrale, d'accords bilatéraux ou multilatéraux, ou des deux combinés), la certification des transactions, les dispositions en matière de responsabilité en cas de non respect (e.a. la question de savoir si la responsabilité incombe à l'acheteur, au vendeur ou aux deux, si une réserve de respect est créée, un fonds dans lequel toutes les parties versent une partie de leurs droits d'émission et les perdent en cas de non respect, comment limiter la participation à l'échange des droits d'émission en cas de non respect), les règles relatives aux registres pour les droits d'émission et le rapport.
De methodologische en operationele bepalingen betreffen de werkingsmodaliteiten (met o.m. de keuze voor een centrale beurs, voor bi- of multilaterale akkoorden dan wel voor beide gecombineerd), de certificatie van transacties, bepalingen inzake aansprakelijkheid bij niet-naleving (met o.m. de vraag of aansprakelijkheid bij de koper, bij de verkoper of bij allebei ligt, of er een nalevingsreserve wordt opgericht, een fonds waarin alle partijen een deel van hun emissierechten storten en deze ingeval van niet-naleving verliezen, hoe de deelname aan emissieshandel bij niet-naleving kan worden beperkt), regels in verband met de registers voor emissierechten en de rapportering daarover.