Contrairement à Phare et ISPA qui utilisent au maximum les accords existants et les structures créées dans le cadre du système de mise en oeuvre décentralisée (DIS), SAPARD est mis en oeuvre sur une base totalement décentralisée dès le départ, pour autant évidemment que toutes les conditions nécessaires soient réunies.
In tegenstelling tot Phare and ISPA, die maximaal gebruikmaken van de bestaande overeenkomsten en organen die krachtens het gedecentraliseerde uitvoeringssysteem van Phare (DIS) tot stand zijn gekomen, wordt Sapard vanaf het begin op volledig gedecentraliseerde basis uitgevoerd, mits aan de nodige voorwaarden is voldaan.