La législation communautaire relative à l'eau va bien au-delà des obligations que le protocole et la convention qu'il complète imposent dans ce domaine, notamment en ce qui concerne les eaux souterraines, l'eau potable, le traitement des eaux urbaines résiduaires, les nitrates d'origine agricole, les rejets de substances dangereuses dans l'environnement aquatique, les eaux de baignade et les eaux conchylicoles.
Voorts gaat de bestaande communautaire waterwetgeving aanzienlijk verder dan de met water verband houdende verplichtingen van het Protocol en het verdrag waarbij het hoort, met name op het gebied van het grondwater, het drinkwater, de behandeling van stedelijk afvalwater, nitraten uit landbouwactiviteiten, de lozing van gevaarlijke stoffen in het aquatisch milieu, zwemwater en water voor schelp- of schaaldieren.