Alors qu'elles appartenaient autrefois à l'administration, les capitaineries ont été intégrées depuis début 1999 au sein des régies portuaires, notamment pour les quatre ports d'Anvers, de Bruges-Zeebrugge, d'Ostende et de Gand.
Terwijl zij vroeger ressorteerden onder de administratie, zijn de havenkapiteinsdiensten in de vier havens Antwerpen, Brugge-Zeebrugge, Oostende en Gent sedert begin 1999 opgenomen in de havenbedrijven .