Alors que le conseil d'administration est normalement composé d'au moins un représentant de chaque État membre, le directeur exécutif de l'agence est désigné, dans la majorité des cas, par le conseil d'administration sur proposition de la Commission et, dans d'autres cas, par la Commission sur proposition du conseil d'administration, ou par le Conseil sur la base d'une liste de candidatures établie soit par le conseil d'administration, soit par la Commission.
Terwijl de Raad van Bestuur normaal gesproken bestaat uit minstens een vertegenwoordiger per lidstaat, wordt de uitvoerend directeur van het agentschap in de meeste gevallen benoemd door de Raad van Bestuur op voordracht van de Commissie en in andere gevallen door de Commissie op voorstel van de Raad van Bestuur, dan wel door de Raad op basis van een kandidatenlijst die of door de Raad van Bestuur of door de Commissie is opgesteld.