L'agence rassemble et coordonne toutes les remarques et objections relatives au programme Natura 2000 flamand, aux plans de gestion Natura 2000, aux approches programmatiques et aux plans des plans de gestion tels que visés à l'article 48, § 1, et les transmet dans les soixante jours après la fin de l'enquête publique à l'instance de concertation régionale, visée à l'article 50quinquies.
Het agentschap bundelt en coördineert alle opmerkingen en bezwaren met betrekking tot het Vlaams Natura 2000-programma, de managementplannen Natura 2000, de programmatische aanpakken en de managementplannen als vermeld in artikel 48, § 1, en maakt die binnen zestig dagen na het einde van het openbaar onderzoek over aan de gewestelijke overleginstantie, vermeld in artikel 50quinquies.