Toutefois, à la différence des magistrats, au terme de l'instruction, il est prévu, pour les ministres, un règlement de la procédure par la chambre des mises en accusation de la cour d'appel compétente, qui peut décider qu'il n'y a pas lieu à poursuivre, qui peut ordonner des actes d'instruction complémentaires ou renvoyer l'affaire à la cour d'appel compétente (articles 9 et 16 des lois ordinaire et spéciale du 25 juin 1998).
Anders evenwel dan voor de magistraten, wordt voor de ministers na het afsluiten van het gerechtelijk onderzoek voorzien in een regeling van de rechtspleging door de kamer van inbeschuldigingstelling van het bevoegde hof van beroep, die kan beslissen dat er geen reden tot vervolging is, bijkomende onderzoekshandelingen kan bevelen of de zaak kan verwijzen naar het bevoegde hof van beroep (artikelen 9 en 16 van de gewone en bijzondere wet van 25 juni 1998).