La Commission s'attaque également au problème de la pollution diffuse par l'adoption de diverses mesures politiques de protection de l'environnement et par le biais des réformes entreprises aux termes de l'Agenda 2000, notamment l'élaboration de politiques rurales comportant les mesures agri-environnementales requises.
Ook via verschillende andere milieubeleidsmaatregelen en de hervormingen in het kader van Agenda 2000, met name de vaststelling van het plattelandsbeleid met de milieumaatregelen in de landbouw, pakt de Commissie de problemen met diffuse verontreiniging aan.