La structure spécifique de mise en œuvre doit être une structure externe légère et efficiente, sous forme d'une agence exécutive de la Commission (l'agence exécutive du CER – l'AECER) chargée de mettre en œuvre le programme «Idées». En attendant l'entrée en fonction de l'AECER, les fonctions de la SSMO-CER sont assurées par la direction S de la DG Recherche, une nouvelle direction créée à cet effet le 1er octobre 2006.
De specifieke uitvoeringsstructuur moet worden opgezet als een sobere en kosteneffectieve externe structuur die de vorm aanneemt van een uitvoerend agentschap van de Commissie – het Uitvoerend Agentschap Europese Onderzoeksraad (ERCEA). De rol van de specifieke uitvoeringsstructuur is het specifieke programma "Ideeën" uit te voeren totdat het ERCEA operationeel wordt. De taken van de ERC-DIS worden waargenomen door Directoraat S van DG Onderzoek, een nieuw directoraat dat op 1 oktober 2006 voor dit doel in het leven is geroepen.