En outre, la CJUE a estimé qu'il ne saurait être exclu « que le montant des droits fiscaux applicables aux ressortissants de pays tiers relevant de la directive 2003/109 puisse varier en fonction du type de permis de séjour demandé et des vérifications que l'Etat membre est tenu d'engager à cet égard» (CJUE C-508/10, Commissie v. Koninkrijk der Nederlanden, §§ 64-65 et 76; cf. également CJUE C-309/14).
Verder oordeelde het HvJ dat het niet kan worden uitgesloten "dat het bedrag van de leges die gelden voor onder richtlijn 2003/109 vallende onderdanen van derde landen, kan variëren afhankelijk van het type verblijfsvergunning dat wordt aangevraagd en van het onderzoek dat de lidstaat in dit verband dient te verrichten" (HvJ C-508/10, Commissie v. Koninkrijk der Nederlanden, §§ 64-65 en 76; zie tevens HvJ C-309/14).