De uitvoerend directeur is de wettelijke vertegenwoordiger van de EFSA en is verantwoordelijk voor alle operationele zaken, voor personeelszaken en voor het opstellen van het jaarlijkse werkprogramma in overleg met de Europese Commissie, het Europees Parlement en de lidstaten van de EU.
Der Geschäftsführenden Direktorin unterstehen etwa 450 Bedienstete. Sie ist die gesetzliche Vertretung der Behörde und zuständig für alle operativen Belange der Behörde, Personalangelegenheiten und die Erstellung des jährlichen Arbeitsprogramms in Abstimmung mit der Europäischen Kommission, dem Europäischen Parlament und den EU-Mitgliedstaaten.