Algemeen gesteld werd via de structuurfondsen de opbouw van onderzoekcapaciteit in de regio's gesteund, met het accent op de materiële aspecten. De communautaire OTO-kaderprogramma's daarentegen steunden transnationale onderzoekprojecten die gebaseerd waren op wetenschappelijke en technologische expertise met een specifiek sociaal-economisch effect.
Global betrachtet unterstützten die Strukturfonds den Aufbau von Forschungskapazität in den Regionen, wobei die materiellen Rahmenbedingungen für die Forschung im Mittelpunkt standen, während das FTE-Rahmenprogramm der Gemeinschaft Gelder in grenzüberschreitende Forschungsprojekte steckte, die eine herausragende wissenschaftliche und technologische Qualität und eine besondere Wirkungskraft auf sozioökonomischen Gebiet haben.
