Het beheer door de Commissie vertoonde een aantal gebreken, vooral bij aanvang van de uitvoering van KP6, die invloed hadden op de doeltreffendheid van de acties, met name onzekerheid over de specifieke rol van de nieuwe instrumenten, onvoldoende begeleiding en gebreken in het projecttoezicht.
Die Verwaltung seitens der Kommission wies insbesondere zu Beginn der Durchführung des RP6 eine Reihe von Schwachstellen auf, die die Wirksamkeit der Maßnahmen beeinträchtigten. Zu diesen Schwachstellen zählten vor allem die Unsicherheit bezüglich der spezifischen Rolle der neuen Instrumente, unzureichende Leitlinien und Unzulänglichkeiten bei der Projektüberwachung.