Het gebruik van antimicrobiële stoffen heeft er echter ook toe geleid dat sommige microben die er vroeger gevoelig voor waren, resistentie ontwikkelen, de zogenaamde antimicrobiële resistentie.
Ihr Einsatz hat jedoch auch dazu geführt, dass bestimmte ausgewählte Mikroorganismen, die zuvor empfindlich auf diese Mittel reagiert hatten, eine Resistenz dagegen entwickelten, die sogenannte "Resistenz gegen antimikrobielle Mittel”.