Het protocol bij de overeenkomst is er in de eerste plaats op gericht om, binnen de grenzen van het beschikbare overschot, vangstmogelijkheden in de wateren van Sao Tomé en Principe toe te kennen aan de vaartuigen van de Europese Unie, met inachtneming van het beste beschikbare wetenschappelijke advies en de aanbevelingen van de Internationale Commissie voor de instandhouding van Atlantische tonijnsoorten (ICCAT – International Commission for the Conservation of Atlantic Tunas).
Der Hauptzweck des Protokolls zum Fischereiabkommen besteht darin, abhängig vom verfügbaren Überschuss und unter Berücksichtigung der besten verfügbaren wissenschaftlichen Gutachten sowie der Empfehlungen der Internationalen Kommission zur Erhaltung der Thunfischbestände im Atlantik (ICCAT) Fischereifahrzeugen der Europäischen Union Fangmöglichkeiten in den Gewässern von São Tomé und Príncipe zu eröffnen.