Als er ondanks behandeling met antibiotica sprake is van een bacteriële verontreiniging, wordt het supernatans vóór de doorkweek gedurende 15 tot 30 minuten bij een temperatuur van 2 tot 5 °C gecentrifugeerd bij 2 000 tot 4 000 × g, en/of gefiltreerd met een filter van 0,45 μm (membraanfilter met een geringe eiwitbinding).
Kommt es trotz Antibiotikabehandlung zu Bakterienkontamination, so ist der Überstand vor dem Anlegen einer Subkultur bei 2 000 bis 4 000 × g und 2-5 °C 15-30 Minuten zu zentrifugieren und/oder durch ein 0,45-μm-Filter (Membran mit geringer Proteinbindung) zu filtrieren.