Op aandringen van het Groot-Brittannië en uiteindelijk ook Polen, heeft de IGC een Protocol (nr. 9) toegevoegd over de toepassing van het Handvest van de grondrechten in Polen en Groot-Brittannië. Hierin staat dat het Handvest de bevoegdheid van het Hof van justitie of de rechtsmacht van deze twee landen niet zodanig verruimt dat men “van mening kan zijn dat de wetten, verordeningen of bepalingen, praktijken of het administratieve optreden van Polen of Groot-Brittannië onverenigbaar zijn met de rechten, vrijheden en grondbeginselen die het opnieuw bevestigt”.
So fügte auf Drängen des Vereinigten Königreichs, dem sich am Ende noch Polen anschloss, die Regierungskonferenz ein Protokoll (Nr. 9) über die Anwendung der Charta der Grundrechte auf Polen und das Vereinigte Königreich hinzu, in dem präzisiert wird, dass die Charta keine Ausweitung der Befugnis des Gerichtshofs oder eines Gerichts dieser beiden Länder „zu der Feststellung, dass die Rechts- und Verwaltungsvorschriften, die Verwaltungspraxis oder -maßnahmen Polens oder des Vereinigten Königreichs nicht mit den durch die Charta bekräftigten Grundrechten, Freiheiten und Grundsätzen im Einklang stehen“, bewirkt.