Er bleven evenwel een aantal kwesties open inzake het garanderen van de traceerbaarheid van materialen, de verhouding tussen de regelgeving voor dierlijke bijproducten en de andere communautaire regelgeving moest nog worden verduidelijkt, en voor de indeling van dierlijke bijproducten in categorieën en voor de controles moest er een meer op risico's gebaseerde aanpak komen.
Jedoch bestehen weiterhin offene Fragen in Bezug auf die Sicherstellung der Rückverfolgbarkeit von Materialien, das Zusammenspiel der Vorschriften für tierische Nebenprodukte mit anderen Gemeinschaftsvorschriften und die Notwendigkeit, dass sich Kontrollen und Kategorisierungen stärker an den Risiken orientieren.