Wat de specifieke samenwerking tussen de Rekenkamer en de nationale controle-instanties betreft, bepaalt artikel 287, lid 3 VWEU dat wanneer er controle dient te geschieden in de lidstaten, de Rekenkamer en de nationale controle-instanties samenwerken "in onderling vertrouwen en met behoud van hun onafhankelijkheid".
Was im Einzelnen die Zusammenarbeit zwischen dem Rechnungshof und den einzelstaatlichen Rechnungskontrollorganen angeht, so besagt Artikel 287 Absatz 3 AEUV, dass in dem Fall, dass die Prüfung in den Mitgliedstaaten durchgeführt wird, der Rechnungshof und die einzelstaatlichen Rechnungsprüfungsorgane „unter Wahrung ihrer Unabhängigkeit vertrauensvoll“ zusammenarbeiten sollen.