Ondanks deze bepaling is het evenwel niet duidelijk in welke mate het kaderbesluit gegevensbescherming — een instrument van de derde pijler van het EU-Verdrag — van toepassing zal zijn op door luchtvaartmaatschappijen verwerkte, door PIU's verzamelde en door andere bevoegde autoriteiten verder gebruikte gegevens.
Trotz dieser Bestimmung ist jedoch nicht deutlich, inwieweit der Datenschutz-Rahmenbeschluss — ein Instrument im Rahmen der dritten Säule des EU-Vertrags — für Daten gelten soll, die von Fluggesellschaften verarbeitet, von PNR-Zentralstellen erhoben und von weiteren zuständigen Behörden verwendet werden.