Hoewel uit de ervaring gedurende de eerste handelsperiode blijkt welke mogelijkheden de Gemeenschapsregeling biedt en de afronding van de nationale toewijzingsplannen voor de tweede handelsperiode tegen 2012 voor significante emissiebeperkingen zal zorgen, heeft een in 2007 verrichte evaluatie bevestigd dat het absoluut noodzakelijk is de regeling voor de handel in emissierechten verder te harmoniseren teneinde de baten van de handel in emissierechten beter te benutten, verstoringen op de interne markt te voorkomen en de koppeling van regelingen voor de handel in emissierechten te vergemakkelijken.
Obgleich die im ersten Handelszeitraum erzielten Erfahrungen das Potenzial des Gemeinschaftssystems gezeigt haben und die nationalen Zuteilungspläne für den zweiten Handelszeitraum bis 2012 bedeutende Emissionsminderungen gewährleisten werden, hat eine Überprüfung im Jahr 2007 bestätigt, dass ein stärker harmonisiertes Emissionshandelssystem unerlässlich ist, wenn die Vorteile des Emissionshandels besser genutzt, Verzerrungen auf dem Binnenmarkt vermieden und die Verknüpfung mit anderen Emissionshandelssystemen erleichtert werden sollen.