No domínio das políticas internas geridas directamente pela Comissão - 9 000 milhões de euros em 2006 - o Tribunal voltou a constatar um nível significativo de erros relativos à legalidade e regularidade das operações subjacentes, devido principalmente a reembolsos a beneficiários que tinham sobredeclarado os custos dos projectos.
Esta situação resulta frequentemente do facto de os beneficiários utilizarem valores orçamentados, em vez dos custos reais, ou apresentarem custos que não estão relacionados com o projecto.