Aangezien Marco Polo II en het KCI, en met name het IEE-programma, gemeenschappelijke doelstellingen hebben, namelijk de verbetering van de energie-efficiëntie van het vervoer en de vermindering van de gevolgen van het vervoer voor het milieu, en beide programma’s profijt kunnen trekken van belangrijke synergieën, dienen ook bepaalde taken ter uitvoering van Marco Polo II aan het IEEA te worden gedelegeerd.
Darüber hinaus sollte die Agentur auch mit bestimmten Verwaltungsaufgaben in Bezug auf Marco Polo II betraut werden, da sich Marco Polo II einerseits und CIP sowie insbesondere das IEE-Programm andererseits in ihren Zielsetzungen sehr ähnlich sind, d. h. mit beiden Programmen die Energieeffizienz im Bereich des Verkehrs verbessert und seine Umweltauswirkungen verringert werden sollen sowie beide Programme von starken Synergieeffekten profitieren könnten.