Richtlijn 2003/87/EG is grondig gewijzigd bij Richtlijn 2009/29/EG van het Europees Parlement en de Raad van 23 april 2009 tot wijziging van Richtlijn 2003/87/EG teneinde de regeling voor de handel in broeikasgasemissierechten van de Gemeenschap te verbeteren en uit te breiden , waardoor aanzienlijke wijzigingen in het registersysteem nodig zijn geworden.
Da die Richtlinie 2003/87/EG mit der Richtlinie 2009/29/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 23. April 2009 zur Änderung der Richtlinie 2003/87/EG zwecks Verbesserung und Ausweitung des Gemeinschaftssystems für den Handel mit Treibhausgasemissionszertifikaten in wesentlichen Punkten geändert wurde, sind umfassende Anpassungen des Registrierungssystems erforderlich.