Resterende problemen hangen samen met het feit dat het Natura 2000-netwerk nog niet is uitgebreid tot het mariene milieu, en voorts met de schadelijke impact van ontwikkelingsactiviteiten op Natura 2000-gebieden en de beperktheid van de middelen die beschikbaar zijn voor het doeltreffend beheer van het netwerk en voor ondersteunende acties.
Es bestehen aber nach wie vor Probleme. Dazu gehört, dass das Netz "Natura 2000" derzeit noch nicht die Meeresumwelt umfasst, dass Natura-2000-Gebiete durch raumplanerische Aktivitäten geschädigt werden und dass für ein effektives Gebietsmanagement und unterstützende Maßnahmen nur begrenzte Mittel vorhanden sind.