Het meest controversiële en meest besproken punt in de loop van het debat over dit voorstel tussen de Commissie en de lidstaten in de Raad betrof het secretariaat, de financiering ervan, de mogelijkheden om het te "externaliseren", zijn onafhankelijkheid en de voortrekkersrol die de Commissie en de Raad zouden moeten vervullen, alsook de personeelsproblematiek.
Im Verlauf der Erörterung des Vorschlags zwischen Kommission und Mitgliedstaaten im Rat war die am heftigsten diskutierte und umstrittenste Frage die des Sekretariats, seiner Finanzierung, der Möglichkeit seiner Auslagerung, seiner Unabhängigkeit und der Lenkungsfunktion, die die Kommission und der Rat hätten übernehmen müssen, sowie die Personalprobleme.