Het Protocol van Nagoya bevat bepalingen die erop gericht zijn meer voorspelbare voorwaarden voor toegang tot genetische rijkdommen te scheppen, batenverdeling tussen gebruikers en verstrekkers van genetische rijkdommen te waarborgen, te waarborgen dat uitsluitend legaal verkregen genetische rijkdommen worden gebruikt op basis van voorafgaande geïnformeerde toestemming en onderling overeengekomen voorwaarden.
Das Protokoll von Nagoya enthält auch Bestimmungen, die darauf abzielen, die Bedingungen für den Zugang zu genetischen Ressourcen besser vorhersehbar zu machen, die Aufteilung der Vorteile zwischen den Nutzern und Bereitstellern von genetischen Ressourcen zu gewährleisten, und dafür zu sorgen, dass im Zusammenhang mit einer vorherigen Zustimmung nach Inkenntnissetzung und einvernehmlich vereinbarten Bedingungen nur rechtmäßig erworbene genetische Ressourcen verwendet werden.