Naast het gemeenschappelijk controleorgaan wordt door elke lidstaat een nationaal controleorgaan aangewezen, dat volgens het nationale recht onafhankelijk toeziet op de toelaatbaarheid van de invoer, de opvraging en de verstrekking op welke wijze ook van persoonsgegevens aan Europol door de betrokken lidstaat, en dat dient te toetsen of de rechten van de betrokkenen hierdoor niet worden geschaad.
Neben der gemeinsamen Kontrollinstanz bezeichnet jeder Mitgliedstaat eine nationale Kontrollinstanz, die nach Maßgabe des jeweiligen nationalen Rechts die Zulässigkeit der Eingabe und des Abrufs personenbezogener Daten sowie jedweder Übermittlung solcher Daten an Europol durch diesen Mitgliedstaat zu überwachen hat.