Hoewel de OO-uitgaven in vergelijking met de andere nieuwe lidstaten op een hoog niveau liggen, vloeien daaruit slechts op zeer beperkte schaal innovatieactiviteiten voort, als wordt gekeken naar het aantal octrooien. Dit wijst op een geringe doeltreffendheid van OO. De onderzoeksinstellingen (bv. de universiteiten en de Tsjechische academie van wetenschappen) lijken maar in zeer geringe mate samen te werken met de particuliere sector.
Trotz des im Vergleich zu anderen neuen Mitgliedstaaten relativ hohen Anteils an FuE-Ausgaben ist die Innovationstätigkeit gemessen an der Zahl der angemeldeten Patente sehr gering, was auf eine geringe Effizienz der FuE hinweist. Die Zusammenarbeit zwischen den Forschungseinrichtungen (z.B. Universitäten und tschechische Akademie der Wissenschaften) und dem Privatsektor erscheint begrenzt.
