Om zijn taken uit te voeren, onderhoudt Eurojust bij voorrang betrekkingen met het Europees justitieel netwerk, de Europese politiedienst (Europol), het Europees Bureau voor fraudebestrijding (OLAF), het Europees Agentschap voor de buitengrenzen (Frontex) en het gemeenschappelijke situatiecentrum van de Raad.
Zur Erfüllung seiner Aufgaben unterhält Eurojust besonders enge Beziehungen zum Europäischen Justiziellen Netz, zum Europäischen Polizeiamt (Europol) zum Europäischen Amt für Betrugsbekämpfung (OLAF), zur Europäischen Agentur für die operative Zusammenarbeit an den Außengrenzen (Frontex) und zum Gemeinsamen Lagezentrum des Rates.