Europese groeperingen voor territoriale samenwerking zijn geconfronteerd met een flink aantal andere uitdagingen, vooral van juridische en organisatorische aard of ten aanzien van de toegang tot financiering, met name in de opstartfase (zoals problemen met betrekking tot het land van vestiging en de zeer lange registratieprocedures).
Außerdem gibt es eine beachtliche Zahl weiterer Probleme, mit denen sich die EVTZ auseinandersetzen müssen und die insbesondere rechtlicher und organisatorischer Natur sind bzw. den Zugang zu Finanzmitteln betreffen, und dies vor allem in ihrer Anlaufphase (wie z. B. Probleme im Zusammenhang mit dem Niederlassungsland und den sehr langen Registrierungsverfahren).
